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Gli uccelli presenti nel Parco sono sia nidificanti che di passo: ultimi si osservano soprattutto alla foce dell'Alcantara dove vi è una grande ricchezza di avifauna; nei transiti migratori, soprattutto primaverili, migliaia di uccelli vi trovano riposo.
Tra i rapaci diurni si rileva il Falco pellegrino (Falco peregrinus), l'Aquila reale (Aquila chrysaetos) e l'Aquila del Bonelli (Hieraaetus fasciatus), mentre fra i notturni il Gufo comune (Asio otus) e il Barbagianni (Tyto alba). Nei tratti aperti del fiume scorgiamo il pendolino (Remiz pendulinus) dal caratteristico nido a forma di fiasco, e l'Occhione (Burhinus oedicnemus); nelle campagne la Quaglia (Coturnix coturnix) o il Rigogolo (Oriolus oriolus). Nelle aree più inacessibili, fra le specie stanziali, va segnalata la presenza della sottospecie siciliana di coturnice (Alectoris graeca whitakeri) e del Codibugnolo di Sicilia (Aegithalos caudatus siculus), anche questa una sottospecie endemica della Sicilia. Nel tratto iniziale del fiume Alcantara troviamo la Cincia bigia di Sicilia (Parus palustris siculus), anch'essa sottospecie endemica.
Fra le specie limicole, che si nutrono di invertebrati, abbiamo il Mignattaio (Plegadis falcinellus) e il Cavaliere d'Italia (Himantopus himantopus). Fra i passeriformi da notare il Merlo acquaiolo (Cinclus cinclus).
Il Merlo acquaiolo è un uccello che vive in vicinanza di corsi d'acqua corrente, soprattutto nei veloci torrenti di collina e di montagna. In Italia è ormai abbastanza raro, poiché frequenta torrenti e fiumi poco antropizzati. Oltre che sulla superficie dell'acqua, cattura le sue prede sul fondo del torrente sotto sassi e pietre che rovescia con grande abilità. Presenta vari adattamenti alla vita acquatica: piumaggio più fitto per ripararsi dal freddo, narici che possono essere chiuse una membrana, ali corte e arrotondate che sott'acqua fungono da remi, occhio adatto alla visione nell'ambiente acquatico e zampe robuste per aggrapparsi ai sassi viscidi.
Infine, si osservano specie ittiofaghe quali il Tarabuso (Botaurus stellaris), il Martin pescatore (Alcedo atthis), il Cormorano (Phalacrocorax carbo), l'Airone cinerino (Ardea cinerea), l'Airone bianco (Egretta alba) e la Garzetta (Egretta garzetta).