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Tra Mojo Alcantara e Gaggi individuiamo il terzo tratto. Il fiume scorre all'interno di colate laviche e talvolta in gole più o meno profonde e la vegetazione è molto variegata, con numerose specie arboree, arbustive ed erbacee. Lungo questo tratto è più frequente la presenza di saliceti arbustivi, in associazione con l'Oleandro, la Ginestra comune e la Tamerice maggiore (Tamarix africana). Infine troviamo una grande varietà di piante erbacee come gli Equiseti (Equisetum sp.), il Gigaro (Arum italicum), il Convolvolo (Calystegia sylvatica), l'Incensaria comune (Pulicaria dysenterica), la Canapa acquatica (Eupatorium cannabinum) e la Canna di palude (Phragmites australis). Fra la flora acquatica troviamo delle idrofite semisommerse quali il Crescione (Nasturtium officinale), il Sedano d'acqua (Apium nodifiorum), la Veronica acquatica (Veronica anagallis-aquatica).
Le fredde acque del fiume ospitano inoltre due specie acquatiche, sia radicate che galleggianti, di particolare valenza ecologica: il Ranuncolo a pennello (Ranunculus penicillatus) e la Lenticchia d'acqua (Lemma minore gibba), tipiche dei climi più continentali.
Il Ranuncolo a pennello in Sicilia si rinviene solo lungo il corso dell'Alcantara e del Fiumefreddo. Si tratta di una pianta idrofita perenne che vive solitamente in acque fredde e a debole corrente. Il fusto, sottile e flessibile, si origina da un rizoma strisciante sul fondo ed emette numerose radici avventizie, che spesso assumono colorazione verde.
La fioritura avviene tra aprile e luglio. Con le sue sorprendenti fioriture a tappeto, il ranuncolo acquatico è la prima fra le piante della palude ad annunciare l'avvento della bella stagione.